L'intérêt pour la biodiversité microbienne croît de manière exponentielle à en juger par l'augmentation du nombre des articles qui lui sont consacrés chaque année dans la littérature scientifique.

Jusqu’à présent, les études sur la biodiversité ont surtout concerné les organismes vivants les plus facilement identifiables, ces « macrobes » que sont les animaux et les plantes. Depuis la découverte de la biologie moléculaire, des études récentes, néanmoins, ont commencé à s’intéresser à la biodiversité du monde des micro-organismes ou des « microbes », et notamment des bactéries. Certains scientifiques évoquent même la nécessité d’aller au delà de ces organismes unicellulaires, par exemple en intégrant les virus, les viroïdes ou encore les plasmides.

L’objectif principal du cours méthodes d'étude de la diversité bactérienne est de définir la notion de biodiversité et son périmètre classique. Il aide l’apprenant a conduire une analyse depuis la prise d'échantillon jusqu'à la prise de décision en maîtrisant les différentes techniques phénotypique et génotypique pour l'étude de la biodiversité microbienne.