Le processus d’infection d’une plante par un agent pathogène débute par l’établissement d’un contact entre les deux protagonistes de la relation parasitaire. Les paramètres qui interviennent à l’interface où se produit la rencontre sont donc d’une importance particulière pour l’établissement des interactions moléculaire ultérieurs entre l’hôte et le pathogène. Dans la relation hôte pathogène chez les champignons, le domaine de la physiopathologie  consistera donc à associer un cours sur le développement théorique selon une somme de données récentes fondées sur des cas réels et sur des modèles d’intérêts pédagogiques.